Se reconoce que la propagación de los genes de resistencia a los antibióticos (AR) entre los entornos acuáticos, incluyendo la acuicultura y el entorno humano, puede tener efectos perjudiciales en la salud humana y animal, así como en el ecosistema. Así, cuando se transmiten al microbioma humano o a patógenos, los genes de resistencia ponen en riesgo la salud humana al comprometer el eventual tratamiento de infecciones con terapia antibiótica. Este estudio tuvo como objetivo definir el perfil de resistencia de las granjas de acuicultura y su potencial riesgo de propagación. Se estudiaron veinticuatro sedimentos de granjas de acuicultura de ostras y doradas ubicadas en tres estuarios de ríos portugueses (17 sedimentos del Sado, 4 de Aveiro y 3 del Lima) mediante un análisis metagenómico comparativo. El cálculo de la diversidad de genes que confieren resistencia por clase de antibiótico reveló un aumento significativo en los recuentos de aminoglucósidos, beta-lactámicos, desinfectantes, quinolonas y tetraciclinas. En todas las ubicaciones geográficas estudiadas, los genes de AR más diversos confieren resistencia a las clases de macrólidos, tetraciclinas y oxazolidinonas, todas ellas médicamente importantes para las terapias humanas y animales, así como resistencia a desinfectantes. La diversidad de elementos genéticos móviles se correlacionó con el número de genes de AR como las tetraciclinas, sugiriendo que el AR podría movilizarse fácilmente entre los genomas y microbiomas bacterianos.