Las plantas de canola sufren reducciones severas en el rendimiento de cultivos y en el contenido de aceite cuando se exponen a condiciones de déficit hídrico, especialmente durante las etapas reproductivas del desarrollo de la planta. Existe una necesidad urgente de desarrollar cultivares de canola que puedan desempeñarse mejor bajo condiciones de déficit hídrico incrementado con los cambios en los patrones climáticos. En este estudio, analizamos los determinantes genéticos para los efectos principales de los loci de rasgos cuantitativos (QTL), (Q), y los efectos de interacción de QTL y medio ambiente (QE) subyacentes al rendimiento de semillas y rasgos relacionados, utilizando 223 líneas haploides dobles (DH) de canola en condiciones de riego adecuado y déficit hídrico bajo un refugio para lluvia. Un déficit hídrico moderado en la etapa previa a la floración redujo el rendimiento de semillas en un 40.8%. El análisis de QTL multi-ambientales reveló 23 regiones genómicas asociadas con los días hasta la floración (DTF), la altura de la planta (PH) y el rendimiento de semillas (SY) en condiciones de riego adecuado y déficit hídrico. Se identificaron tres QTL de rendimiento de semillas para efectos principales en los cromosomas A09, C03 y C09, mientras que dos estaban relacionados con interacciones QE en A02 y C09. Dos regiones de QTL se co-localizaron en regiones genómicas similares para el tiempo de floración y el rendimiento de semillas (A09) y la segunda para la altura de la planta y el contenido de clorofila. El QTL A09 se co-localizó con un QTL previamente mapeado para la discriminación de isótopos de carbono (C) que mostró una relación positiva con el rendimiento de semillas en la misma población. Se identificaron efectos alélicos opuestos para la plasticidad en el rendimiento de semillas debido a interacciones QE en respuesta al estrés hídrico en los cromosomas A02 y C09. Nuestros resultados mostraron que los efectos alélicos de los QTL para DTF, PH y SY y su correlación con C son estables a través de ambientes (condiciones de campo, estudio previo) y regímenes hídricos contrastantes (este estudio). Los QTL y las líneas DH que mostraron un alto rendimiento en condiciones de riego adecuado y déficit hídrico podrían ser utilizados para manipular la eficiencia en el uso del agua para la mejora de cultivares de canola.