Mejorar la regulación ambiental (RA) es una forma efectiva de mejorar la eficiencia de la innovación verde (EIV) del Cinturón Económico del Río Yangtsé (CERY) y la clave para alcanzar el objetivo de alcanzar el pico de carbono y la neutralidad. Utilizando los datos de 103 ciudades en el CERY entre 2013 y 2019, este documento explora el efecto de la RA heterogénea en la EIV. Los resultados del estudio son los siguientes: primero, categorizamos las regulaciones ambientales en regulaciones ambientales formales e informales y exploramos su impacto en la eficiencia de la innovación verde por separado. Los resultados muestran que tanto las regulaciones ambientales formales como las informales pueden promover efectivamente la EIV en la aglomeración urbana del CERY. En segundo lugar, se utiliza el modelo de Durbin Espacial (MDE) para analizar el efecto espacial. Los resultados muestran que hay efectos espaciales entre las regulaciones ambientales heterogéneas y la EIV, y la regulación ambiental puede fortalecer significativamente la EIV a través de efectos espaciales positivos. En tercer lugar, este documento utiliza el modelo de umbral para explorar la relación no lineal entre la regulación ambiental y la eficiencia de la innovación verde. Los resultados muestran que a medida que aumenta la RA, el efecto positivo sobre la EIV también aumenta, y este hallazgo interesante se mantiene tanto para las regulaciones ambientales formales como informales. En cuarto lugar, se utiliza el modelo de efecto mediador para examinar si la innovación tecnológica verde y la actualización de la estructura industrial ejercen efectos mediadores sobre cómo las regulaciones ambientales afectan la EIV. Los resultados de la investigación pueden proporcionar recomendaciones políticas efectivas para promover el desarrollo verde de las ciudades en el CERY.