Las bacterias y hongos son buenos indicadores de la salud del suelo, así como de la salud de los medios de cultivo sin suelo (SGM). Sin embargo, hay información muy limitada sobre las comunidades fúngicas y bacterianas para SGM. En el presente estudio, se utilizaron sustrato de fibra de coco y sustrato a base de turba como SGM típicos bajo riego por goteo y riego por marea para comprender la situación de las comunidades fúngicas y bacterianas mediante tecnología de secuenciación de alto rendimiento. En este estudio, tanto los factores ambientales como las comunidades microbianas se vieron afectados significativamente por el tipo de SGM y el patrón de riego, en el que el tipo de SGM jugó un papel principal y el patrón de riego jugó un papel menor. Los filos bacterianos Actinobacteriota y Proteobacteria y los filos fúngicos Ascomycota estaban más estrechamente relacionados con factores ambientales como CE, pH, NO, NH y con ureasa y fosfatasa. Las comunidades bacterianas y fúngicas en los dos SGM tenían algunas similitudes con las del suelo. Además, las funciones del suelo, incluidos los organismos clave del suelo, la mineralización del carbono, la descomposición de la madera, la nitrificación, la desnitrificación, la fijación de carbono, la fijación de nitrógeno y la metanotrofia, podrían ser realizadas básicamente por los dos SGM. En general, los SGM deberían poseer capacidades comunes del suelo según los análisis bacterianos y fúngicos, pero hay numerosos hongos de función desconocida que deben abordarse en el futuro. Mientras tanto, estos resultados mejoran nuestra comprensión de la correlación entre los factores ambientales y el microbioma, y proporcionan orientación básica para la gestión e investigación sobre SGM en el futuro.