Hace más de medio siglo, se recolectaron variedades locales de arroz de países indochinos (Camboya, Tailandia, Laos y Vietnam). De estas, se examinaron 162 variedades locales para 7 características del tamaño del grano: longitud/anchura/grosor de la semilla, longitud/anchura/grosor del arroz integral y peso de 100 semillas. Dado que estas características variaron considerablemente, se realizó una encuesta de mutaciones funcionales en los genes relacionados con estas características. En total, se utilizaron 19 marcadores (12 InDel y 7 marcadores dCAPS) para investigar las mutaciones en 14 loci del tamaño del grano. Se observaron efectos alélicos significativos con seis marcadores que detectaron mutaciones por sustitución de bases y mutaciones por inserción/deleción, lo que sugiere que estas mutaciones podrían haber afectado la característica del grano y causado variación entre las variedades locales en los países indochinos. Además del tamaño del grano, también se examinaron el color de la cáscara, el color del grano y la glutinosidad mediante una encuesta de mutaciones de pérdida de función en loci responsables principales. La mayoría de los fenotipos se reflejaron en función de las mutaciones funcionales en estos loci. Dado que las variedades locales tienen una amplia variación genética, son recursos genéticos importantes para la futura mejora del arroz.