En Chile, los estudios de parásitos de la familia Sarcocystidae (Apicomplexa) se han relacionado principalmente con animales domésticos. Nuestro objetivo fue evaluar la presencia de taxones de Sarcocystidae en roedores cricétidos del centro y sur de Chile. Estudiamos 207 roedores, abarcando seis especies, de 13 localidades. Aislamos ADN de muestras de tejido, amplificamos el gen 18S rRNA de Sarcocystidae mediante reacción en cadena de la polimerasa y realizamos análisis filogenéticos utilizando máxima verosimilitud e inferencias bayesianas. Además, examinamos frotis de sangre y realizamos estudios histológicos en órganos de animales positivos para ADN de Sarcocystidae. Tres especímenes fueron positivos para ADN y se recuperaron y nombraron tres genotipos: sp. P61, relacionado con , fue detectado en dos . Toxoplasmatinae gen. sp. P99 fue recuperado de esos mismos dos especímenes, y se relacionó con y otros géneros, aunque se ramificó de manera independiente. sp. R34 fue detectado en uno , y se agrupó con especies congéneres asociadas con roedores. No se encontraron protozoos durante los estudios microscópicos; por lo tanto, no fue posible confirmar interacciones parasitarias más allá de encuentros accidentales. Sin embargo, la estrecha relación de los genotipos recuperados con parásitos de roedores apoya la hipótesis de asociaciones huésped-parásito. Se sugiere que los tres genotipos son potenciales nuevos taxones, incluyendo un posible nuevo género.