Investigando el papel de las proteínas de calcificación del hub en la aterosclerosis a través de un enfoque integrado de transcriptómica y basado en redes
Autores: Alharbi, Hajed Obaid A.; Khan, Asifa; Rahmani, Arshad Husain
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Investigando el papel de las proteínas de calcificación del hub en la aterosclerosis a través de un enfoque integrado de transcriptómica y basado en redes
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Perfiles de expresión de ARNm
Genes expresados diferencialmente
Red de coexpresión génica ponderada
Red de interacción proteína-proteína
Término de ontología génica
Bucle de retroalimentación de miARN
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 15
Citaciones: Sin citaciones
Obtuvimos perfiles de expresión de ARNm disponibles públicamente en casos de pacientes con aterosclerosis (AS) y obtuvimos genes expresados diferencialmente (DEGs) entre estos conjuntos de datos. Posteriormente, se estableció una construcción de red de coexpresión génica ponderada específica de AS (WGCN) para identificar módulos centrales. Luego, se utilizaron los DEGs específicos de calcificación y aterosclerosis (CASS) para la formación de una red de interacción proteína-proteína (PPIN), seguida de análisis de enriquecimiento de términos de ontología génica (GO) y vías. Por último, se realizó una construcción y análisis de un bucle de retroalimentación hacia adelante (FFL) de 3 nodos de miARN específico de AS. Este enfoque integral mejora nuestro conocimiento del paisaje molecular de los pacientes con AS y establece una base para futuras opciones de tratamiento y biomarcadores, avanzando en última instancia en la terapia de precisión para AS y enfermedades cardiovasculares, allanando así el camino para medicamentos personalizados y tratamientos dirigidos en el esfuerzo continuo por mejorar los resultados de los pacientes.
Descripción
Obtuvimos perfiles de expresión de ARNm disponibles públicamente en casos de pacientes con aterosclerosis (AS) y obtuvimos genes expresados diferencialmente (DEGs) entre estos conjuntos de datos. Posteriormente, se estableció una construcción de red de coexpresión génica ponderada específica de AS (WGCN) para identificar módulos centrales. Luego, se utilizaron los DEGs específicos de calcificación y aterosclerosis (CASS) para la formación de una red de interacción proteína-proteína (PPIN), seguida de análisis de enriquecimiento de términos de ontología génica (GO) y vías. Por último, se realizó una construcción y análisis de un bucle de retroalimentación hacia adelante (FFL) de 3 nodos de miARN específico de AS. Este enfoque integral mejora nuestro conocimiento del paisaje molecular de los pacientes con AS y establece una base para futuras opciones de tratamiento y biomarcadores, avanzando en última instancia en la terapia de precisión para AS y enfermedades cardiovasculares, allanando así el camino para medicamentos personalizados y tratamientos dirigidos en el esfuerzo continuo por mejorar los resultados de los pacientes.