Las razas de ovejas no comercializadas, conocidas como razas locales o nativas, están bien adaptadas a sus limitaciones ambientales y constituyen recursos genéticos valiosos que necesitan ser priorizados para la caracterización y preservación de la diversidad genética. El objetivo del presente estudio fue evaluar el nivel de diversidad genética y las decisiones de preservación relacionadas de razas de ovejas nativas mediterráneas muy antiguas y tradicionales de Túnez e Italia utilizando 17 marcadores de microsatélites. En total, se muestrearon 975 ovejas de cinco razas nativas tunecinas, una del centro de Italia y cuatro venecianas. Se consideraron tanto granjas privadas como públicas para cada raza con fines de comparación de estrategias de cría. El conjunto de microsatélites utilizado fue altamente informativo (PIC = 0.80 +/- 0.08), con un total de 383 alelos. Se reveló una diferenciación genética moderada entre las ovejas nativas de los dos lados mediterráneos (F global de loci = 0.081). El nivel de diversidad genética fue mayor en el caso de las razas nativas tunecinas en comparación con las italianas, como lo evidencian una mayor riqueza alélica media, mayores heterocigosis esperadas y observadas, y niveles de endogamia más bajos. Se llevaron a cabo sugerencias de prioridad para la conservación para cada población de raza privada o pública basadas en la contribución de cada población a la diversidad de todo el conjunto de datos. Las cuatro razas venecianas, que ya están en proceso de conservación, la raza lechera tunecina y la muy antigua raza magrebí, serían favorecidas para la conservación. En conclusión, nuestros resultados destacaron la importancia de las razas de ovejas nativas mediterráneas analizadas como valiosos reservorios genéticos heredados y apoyaron las decisiones de conservación previas tomadas para las razas amenazadas.