La microbiota intestinal (el microbioma intestinal) es importante para el funcionamiento normal del intestino, especialmente en los caballos que dependen de las bacterias intestinales para descomponer el material vegetal en el intestino posterior. Comprender la microbiota normal es esencial para poder evaluar los cambios que ocurren durante la enfermedad o en respuesta a tratamientos. Estudios post-mortem y biopsias han encontrado diferentes poblaciones en la mucosa gástrica (revestimiento) en comparación con las heces, pero el líquido gástrico no ha sido evaluado. El objetivo de este estudio fue describir el microbioma del líquido gástrico de caballos sanos a lo largo del tiempo, bajo dos condiciones de alojamiento, y comparar el líquido gástrico con el microbioma fecal de muestras emparejadas. Encontramos que, aunque se identificaron menos bacterias (taxones) en el jugo gástrico en comparación con las heces, había una población estable de microbiota gástrica que no variaba de semana a semana bajo ninguna de las condiciones de alojamiento. Hubo una diferencia significativa en la diversidad composicional (la relación de los taxones presentes) entre las condiciones de alojamiento, con cambios en las proporciones relativas de algunos grupos clave cuando los caballos se trasladaron del pasto al establo. Estos hallazgos son importantes para informar futuras investigaciones sobre la microbiota del líquido gástrico en caballos.