El objetivo de este estudio de 2 años fue evaluar la influencia de la profundidad del lecho (40 y 60 cm) en el desarrollo de especies ornamentales tropicales y en la eliminación de diferentes contaminantes como la demanda química de oxígeno (DQO), nitrato (N-NO), amonio (N-NH), nitrógeno total (NT), fósforo total (PT), sólidos suspendidos totales (SST), coliformes totales (CT) y coliformes fecales (CF), en humedales construidos de flujo subsuperficial horizontal (HSSF-CWs) para el tratamiento de aguas residuales municipales. Los resultados mostraron que la profundidad de 60 cm favoreció la eliminación de DQO, con eficiencias de eliminación del 94% para las tres especies de plantas. La profundidad de 40 cm fue más efectiva para la eliminación de N-NH (80-90%). En cuanto a la eliminación de NT, las eliminaciones fueron similares para las diferentes plantas y profundidades (72-86%). Los sistemas solo lograron hasta un 60% de eliminación de CT y CF. La profundidad del sustrato de los CWs y su nivel de saturación influyeron en el desarrollo de la vegetación ornamental, particularmente en la producción de flores. Para una especie, un nivel de profundidad de lecho de 60 cm fue más adecuado, mientras que para otra, 40 cm fue mejor, y para una tercera en ambos casos no hubo producción de flores. El impacto de la profundidad del lecho en la eliminación de contaminantes depende del tipo específico de contaminante.