Los sistemas acuosos de dos fases (ATPS) se han utilizado durante mucho tiempo para la extracción fácil y rápida de biomoléculas de interés. La partición selectiva de ADN es útil para la purificación de ácidos nucleicos y en el diseño de nuevas tecnologías de detección. Este artículo investiga la partición de un plásmido dentro de un ATPS poco comprendido que comprende los polímeros polietilenglicol (PEG) de 35 kDa y Ficoll de 400 kDa. El enfoque se centra en descomponer los efectos composicionales del ATPS, es decir, si las concentraciones establecidas de iones fisiológicos o los propios polímeros pueden ajustar la preferencia de fase del ADN y la fuerza de partición. El trabajo aquí revela los efectos antagónicos de los iones de magnesio y amonio, así como el papel que juega la partición del polímero formador de fase en el enriquecimiento del plásmido. Probar los iones en conjunto con diferentes formulaciones de ATPS resalta la complejidad del sistema en cuestión, lo que lleva a explorar los cambios conformacionales del ADN en respuesta a la presencia de polímeros y sales. El trabajo presentado aquí ofrece múltiples parámetros de optimización para aplicaciones posteriores de los ATPS de PEG-Ficoll, como la biosensibilidad basada en transcripción/traducción in vitro, en la que el rendimiento depende en gran medida de la partición de ácidos nucleicos.