Las vías preferenciales en el suelo conducen a la lixiviación de nutrientes y la contaminación del agua subterránea. Sin embargo, la evolución del flujo preferencial con la aplicación de paja sigue siendo incierta. Este estudio tiene como objetivo determinar experimentalmente la hipótesis de que, dependiendo de cómo se aplique, la paja promoverá o inhibirá el movimiento del flujo preferencial del suelo. Se establecieron tratamientos con tasas de aplicación de paja de 0, 5, 10 y 15 t/ha y puntos de tiempo de descomposición de 0, 60 y 240 días para el método de trazador de tinte almidón-yoduro de potasio. Los resultados mostraron que la tasa de descomposición de la paja se ralentizó en las etapas posteriores. A los 0 días, los coeficientes de flujo preferencial de la aplicación de paja de 0, 5, 10 y 15 t/ha fueron 0,13, 0,14, 0,23 y 0,17, respectivamente. A los 60 días, los coeficientes de flujo preferencial fueron aproximadamente 0,17, 0,11, 0,22 y 0,12. Las propiedades del suelo y la calidad del riego mejoraron a los 0 y 60 días. Sin embargo, se observó un marcado aumento de 0,31, 0,35 y 0,17 en el coeficiente de flujo preferencial a los 240 días. Las propiedades del suelo y la calidad del riego empeoraron a los 240 días. Estos resultados indican que el efecto de la incorporación y descomposición de paja en el flujo preferencial fue inicialmente inhibido y posteriormente promovido. Las propiedades del suelo y la calidad del riego mejoraron inicialmente y posteriormente se deterioraron. El estudio sirve como referencia para la utilización racional de residuos agrícolas e irrigación científica, sugiriendo que el método óptimo de incorporación de paja debería ser adoptado en función del ciclo de crecimiento de los cultivos.