Comprender la influencia de los sistemas de cultivo en la contaminación de origen no puntual (COP) es crucial, ya que la COP se ha convertido en la principal fuente de nutrientes para la eutrofización de lagos. Cómo identificar las características del equilibrio de N y P en diferentes escalas espaciales y temporales sigue siendo un desafío en el control de la contaminación y la toma de decisiones. En este estudio, se construyó un modelo de herramienta de evaluación de suelos y agua (SWAT) acoplado con un modelo de coeficiente de exportación para una simulación de COP en el Norte de la Cuenca del Lago Erhai (NELB). Se propuso un método para estudiar el transporte de N y P desde los campos y las subcuencas individuales hasta el Lago Erhai utilizando la simulación de SWAT. Los resultados mostraron que los campos de pérdida de N y P estaban principalmente situados en las cercanías del río Fengyu y a lo largo del curso principal de los ríos Miju y Mici. Los campos de pérdida de N y P estaban principalmente ocupados por cultivos de arroz-habas/arroz-colza y hortalizas. Mientras que las áreas críticas de contribución de carga de N y P estaban situadas en las cercanías aguas abajo de los ríos Miju, Yong"an y Luoshi. Los efectos de los diferentes sistemas de cultivo en la exportación de N y P a la cuenca eran insignificantes en la NELB y disminuyeron en un 4-9% al cambiar el sistema de cultivo en comparación con los cultivos originales. La COP descargada desde las áreas críticas fue retenida y purificada por el flujo y los embalses dispersos a lo largo de los ríos, y se observó que la pérdida de N y P provenía principalmente de las áreas críticas de descarga de contaminación situadas aguas abajo del río Miju. Este estudio puede proporcionar un método de simulación importante para comprender las COP y, por lo tanto, puede ayudar a las autoridades a mejorar el uso de la tierra agrícola y reducir la contaminación del lago.