La fumigación del suelo se considera un método para controlar las enfermedades transmitidas por el suelo y resolver los obstáculos del cultivo continuo. Sin embargo, los residuos de fumigantes en el suelo son perjudiciales para la salud del suelo. Aunque el cultivo en sustrato es un modo de cultivo que puede promover el crecimiento de las plantas, los estudios hasta la fecha sobre si el cultivo en sustrato puede reemplazar la fumigación del suelo para el control de los patógenos del suelo son limitados. En este estudio, se demostraron los efectos de la fumigación con cloropicrina (Pic) y el cultivo en sustrato (SC) en el crecimiento del ñame, los patógenos del suelo, los nutrientes del suelo y las comunidades microbianas mediante un experimento de campo de 2 años. Los resultados mostraron que SC aumentó significativamente el contenido de materia orgánica del suelo (SOM), fósforo disponible y potasio disponible en comparación con Pic. Además, SC pudo reducir efectivamente el número de spp. y spp., disminuir la tasa de plantas de ñame enfermas y aumentar significativamente el rendimiento del ñame. Además, SC aumentó significativamente la abundancia de microorganismos beneficiosos como , , y en el suelo. El análisis de correlación mostró que el rendimiento del ñame presentó una relación negativa con el número de patógenos del suelo y una correlación positiva con SOM. Nuestro estudio sugiere que el cultivo en sustrato puede ser una alternativa a la fumigación del suelo para controlar los patógenos del suelo y proteger la salud del suelo.