La micropropagación de portainjertos se ha utilizado extensamente como una alternativa a la propagación por esquejes. Aunque recientemente se han realizado estudios en otras especies, no se han publicado informes concluyentes sobre el efecto de la micropropagación de portainjertos en el rendimiento en campo de los árboles frutales. Aquí, presentamos los resultados de un estudio de cinco años de variedades de durazno injertadas en dos portainjertos (Adesoto 101 y Adafuel), ya sea micropropagados o propagados por esquejes, para determinar el efecto del método de propagación del portainjerto en el rendimiento en campo. Los árboles frutales son plantas leñosas con un ciclo de vida largo; por lo tanto, para reducir la influencia de factores ambientales o culturales en los resultados agronómicos, los estudios deben durar varios años, en los que se obtienen datos de los mismos individuos a lo largo del tiempo (datos longitudinales). Esto dificulta el análisis porque estos datos carecen de independencia. En contraste con un enfoque más tradicional con agregación de datos y análisis de medidas repetidas ANOVA, en este estudio, utilizamos modelos lineales de efectos mixtos para controlar la varianza asociada con factores aleatorios sin agregación de datos. El crecimiento de los árboles frutales no diferió apreciablemente entre los métodos de propagación del portainjerto, ni en el período de floración ni en el rendimiento. Los modelos construidos para diferentes parámetros del rendimiento en campo (área de sección transversal del tronco (TCSA), rendimiento acumulado, eficiencia de rendimiento acumulado y carga de cultivo acumulada) mostraron un muy buen ajuste (R > 0.97), lo que permite concluir que el método de propagación del portainjerto no afectó el rendimiento en campo de los árboles frutales en este estudio.