Los microorganismos que secuestran carbono desempeñan un papel importante en el ciclo del carbono de los ecosistemas de humedales. Sin embargo, el mecanismo de respuesta de las comunidades microbianas que secuestran carbono a los cambios en el tipo de humedal y su relación con el carbono del suelo siguen siendo poco claros. Para explorar estas diferencias e identificar los principales factores influyentes, este estudio seleccionó humedales de pantano, humedales ribereños y humedales junto al lago Qinghai como sujetos de investigación. Se empleó secuenciación de alto rendimiento para analizar el gen funcional cbbM de los microorganismos que secuestran carbono. Los resultados revelaron que la diversidad alfa de los microorganismos que secuestran carbono cbbM reflejaba la tendencia en el contenido total de carbono, con la mayor diversidad observada en los humedales de pantano y la menor en los humedales junto al lago. El filo bacteriano dominante fue Proteobacteria, con géneros prevalentes incluyendo , , y . sirvió como un biomarcador en los humedales junto al lago, mientras que otros dos géneros eran indicativos de los humedales de pantano. El análisis de particionamiento jerárquico indicó que la diversidad de los microorganismos fijadores de carbono cbbM estaba influenciada principalmente por el contenido total de nitrógeno, mientras que la estructura de la comunidad se vio significativamente afectada por el contenido total de carbono del suelo. Además, se encontró que un aumento en la temperatura y humedad del suelo favorecía los procesos de fijación de carbono de , , , y . En resumen, los cambios en los tipos de humedales afectaron seriamente las características de la secuenciación de carbono cbbM en las comunidades microbianas, y un clima cálido y húmedo puede ser propicio para la secuenciación de carbono en los humedales.