El complejo de enfermedades respiratorias bovinas (BRDC) es una de las principales causas de morbilidad y mortalidad en terneros no destetados, sin embargo, el papel de la microbiota nasal comensal en la gravedad de los brotes sigue siendo poco comprendido. Este estudio caracterizó las comunidades bacterianas nasales durante dos brotes de BRDC de diferente gravedad (moderado vs. severo) y aproximadamente 30 días después del tratamiento. Se recolectaron hisopos nasales de terneros y se analizaron utilizando secuenciación del gen 16S rRNA (regiones V1-V3, Illumina MiSeq) y PCR cuantitativa dirigida a tres patógenos principales de BRDC. Los perfiles de la comunidad microbiana diferían entre los grupos de brote y a través de los puntos temporales. Los terneros en el grupo de brote severo mostraron una menor diversidad microbiana en comparación con aquellos en el brote moderado. En ambos grupos, la diversidad aumentó significativamente de brote a post-tratamiento. En el momento de la enfermedad, las comunidades nasales estaban dominadas por los géneros , , y , con qPCR confirmando como la especie predominante. Estos hallazgos indican que los brotes de BRDC en terneros no destetados están asociados con una reducción de la diversidad microbiana y la dominancia de especies patógenas, siendo la recuperación caracterizada por una mayor diversidad bacteriana. Los cambios en la composición del microbioma nasal entre el brote y el post-tratamiento pueden reflejar una interrupción impulsada por patógenos durante la enfermedad y un posterior reequilibrio de la comunidad microbiana.