Aunque se han formado enormes cantidades de surcos que han disminuido severamente la calidad de las tierras agrícolas en los molisoles, aún no está claro cómo se distribuye la comunidad microbiana después de la restauración de la vegetación natural (RVN), lo cual está muy relacionado con las funciones ecológicas en la agricultura. En este estudio, se revisaron tanto la comunidad microbiana como sus potenciales funciones ecológicas después de la RVN, junto con los factores ambientales relacionados con la evolución microbiana que se detectaron en dos surcos de molisoles situados en tierras agrícolas en el noreste de China. Los principales resultados mostraron que la RVN mejoró la diversidad microbiana y la complejidad de la red de co-ocurrencia en los surcos, y promovió que la composición de la comunidad bacteriana fuera similar entre el surco y el área de deposición. Además, la materia orgánica del suelo (MOS) reguló la diversidad microbiana al equilibrar el fósforo disponible en el suelo (FAS), la humedad del suelo (HS) y el pH, estimulando así los biomarcadores bacterianos clave de los surcos (Rhizobiales, Microtrichales, TRA3-20) y regulando la composición bacteriana, así como enriqueciendo indirectamente la función de las bacterias para realizar desnitrificación, fijación de carbono y transporte de fósforo en los surcos. Además, las abundantes dicotiledóneas en los surcos regulan principalmente la composición de la comunidad fúngica, y aumentaron la riqueza fúngica en una profundidad de suelo de 0-20 cm, pero disminuyeron la riqueza bacteriana en la misma profundidad de suelo. Nuestros hallazgos revelaron el mecanismo de reparación de la RVN sobre las comunidades bacterianas y fúngicas del suelo, especialmente sobre la funcionalidad bacteriana, que debería recibir más atención en el ciclo de nutrientes a través de los molisoles erosionados en los surcos.