En el sur de Siberia occidental (Rusia), hay muchos lagos únicos y no explorados de soda, salinos y de agua dulce. En este estudio, se presentan los resultados sobre la diversidad microbiana, su potencial metabólico y su relación con un conjunto de parámetros geoquímicos para un ecosistema de lago hipersalino en la región de Novosibirsk (Óblast). El enfoque metagenómico utilizado en este trabajo nos permitió determinar la composición y estructura de una comunidad microbiana flotante, la capa superior de limo y los estratos de sedimentos de fondo en un lago salino natural a través de dos enfoques bioinformáticos, cuyos resultados están en buena concordancia entre sí. En la comunidad microbiana flotante y en las capas superiores del sedimento de fondo, se encontró que predominaban las bacterias de los filos Proteobacteria (Gammaproteobacteria), Cianobacteria y Bacteroidetes. Las capas inferiores estaban dominadas por Proteobacteria (principalmente Deltaproteobacteria), Gemmatimonadetes, Firmicutes y Archaea. Se reconstruyeron rutas metabólicas para investigar el potencial metabólico de las comunidades microbianas y otros roles hipotéticos de las comunidades microbianas en el ciclo biogeoquímico. Se identificaron relaciones entre diferentes taxones de microorganismos, así como su posible papel en las transformaciones biogeoquímicas de C, N y S en un análisis estructural comparativo que incluyó varios nichos ecológicos.