El establecimiento de la microbiota intestinal en rumiantes jóvenes tiene un profundo impacto en su rendimiento productivo en la adultez. Sin embargo, la fase crítica para la sucesión de la composición microbiana intestinal y los perfiles metabólicos de los ciervos sika juveniles aún necesita ser investigada más a fondo. Aquí, analizamos la microbiota fecal y los metabolitos de los ciervos sika juveniles durante los períodos de nacimiento (D1), transición (D42) y rumia (D70) basándonos en la secuenciación de 16S rRNA y la cromatografía de gases-espectrometría de masas de tiempo de vuelo (GC-TOF-MS). Los resultados mostraron que la composición de bacterias fecales y metabolitos fue significativamente diferente en D1 en comparación con D42 y D70, y el número de OTUs y el índice de Shannon fueron significativamente más altos en D70 que en D1 (< 0.05). Las abundancias relativas de , , y mostraron un aumento significativo en D1 en comparación con D42 y D70, mientras que las abundancias relativas de Ruminococcaceae UCG-005, Ruminococcaceae UCG-010, Ruminococcaceae UCG-014, Christensenellaceae R-7 y grupo disminuyeron significativamente en D1 en comparación con D42 y D70 (< 0.05). Las cantidades de serina, fenilalanina, ácido aspártico, ornitina, citrulina, creatina, isoleucina, galactosa y ribosa en las heces fueron significativamente más altas en D1 en comparación con D42 y D70. En contraste, las concentraciones de cortexolona, resveratrol, piceatannol, ácido fumárico, alfa-cetoglutarato, glicerol, ácido uracilo-5-carboxílico y ácido maleico disminuyeron significativamente en D1. El análisis de enriquecimiento mostró que el metabolismo de aminoácidos y el metabolismo de carbohidratos cambiaron significativamente en D1 en comparación con D42 y D70. El metabolismo de glicina, serina y treonina; el metabolismo de alanina, aspartato y glutamato; la biosíntesis de arginina; el metabolismo de gloxilato y dicarboxilato; el ciclo del citrato; y el metabolismo de piruvato se enriquecieron significativamente a lo largo de los tres períodos (< 0.05). En conclusión, nuestros resultados sugieren que el período de nacimiento-transición es una fase crítica para la comunidad bacteriana intestinal y el cambio en la función metabólica en los ciervos sika juveniles.