La deposición excesiva de grasa abdominal en patos de carne no solo reduce la eficiencia alimentaria, sino que también afecta la calidad de la carcasa, lo que representa un desafío para la industria del pato de carne. La creciente evidencia sugiere que la microbiota intestinal puede influir en el metabolismo de las grasas y el almacenamiento de energía en los animales. En este estudio, exploramos la relación entre los patos con alta y baja tasa de grasa abdominal y su microbiota intestinal en diferentes segmentos. Utilizando análisis de Multi-Ómicas, encontramos que el ciego juega un papel crucial en la utilización de nutrientes y el crecimiento en los patos. Los patos con baja tasa de grasa abdominal tenían más bacterias beneficiosas que ayudan a digerir carbohidratos y producir ácidos grasos de cadena corta, lo que puede reducir la deposición de grasa. En contraste, los patos con altas tasas de grasa abdominal tenían más bacterias vinculadas a la inflamación y un metabolismo deficiente. Un análisis adicional reveló que la microbiota intestinal está asociada con los niveles de expresión de genes y lncARNs relacionados con la producción de grasa abdominal y la utilización de energía. Estos hallazgos destacan una fuerte asociación entre la microbiota intestinal y la deposición de grasa, proporcionando una base científica para estrategias como la alimentación dirigida o la modulación del microbioma para optimizar la distribución de grasa, mejorar la eficiencia alimentaria y mejorar la calidad de la carne en patos de carne.