El camarón de agua dulce gigante (GFP), una especie tropical cultivada en todo el mundo, tiene una alta demanda en el mercado y un valor económico significativo. El crecimiento de los machos de GFP varía considerablemente; sin embargo, los mecanismos subyacentes a estas diferencias de crecimiento siguen siendo poco claros. En este estudio, recolectamos muestras de intestino y hemolinfa de machos de GFP grandes (ML), medianos (MM) y pequeños (MS) y utilizamos métodos de secuenciación de 16S rRNA y metabolómica basada en cromatografía líquida-espectrometría de masas para explorar la microbiota intestinal y los metabolitos asociados con el crecimiento de GFP. Las bacterias dominantes fueron Firmicutes y Proteobacteria; las tasas de crecimiento más altas se correlacionaron con una mayor relación Firmicutes/Bacteroides. Los niveles de metabolitos en suero difirieron significativamente entre los grupos ML y MS. También combinamos transcriptómica con técnicas multiómicas integrativas para esclarecer aún más los mecanismos moleculares sistemáticos en los GFP. Los resultados revelaron que pueden mejorar la salud intestinal en GFP a través de la liberación de butirato, afectando la homeostasis fisiológica y llevando a variaciones metabólicas relacionadas con las diferencias de crecimiento de GFP. Notablemente, nuestros resultados proporcionan nuevas y fundamentales perspectivas sobre las redes moleculares que conectan varios genes, metabolitos, microbios y fenotipos en los GFP, facilitando la elucidación de los mecanismos de crecimiento diferencial en los GFP.