Las serpientes son animales modelo para estudiar el equilibrio energético, pero los estudios sobre la microbiota intestinal de estos animales son bastante escasos. Para llenar este vacío, utilizamos la secuenciación de metagenomas para investigar la composición y adaptabilidad de la comunidad microbiana en el estómago, el intestino delgado y el intestino grueso de la serpiente de bambú de ojos grandes. Los resultados mostraron que no había diferencias significativas en la alfa-diversidad entre los diferentes segmentos gastrointestinales. Pseudomonadota, Bacteroidota y Bacillota fueron los filos más abundantes. Los géneros dominantes en el estómago y el intestino delgado eran similares, mientras que los del intestino grueso eran distintos. La abundancia de y fue significativamente mayor en el intestino grueso que en el intestino delgado. El análisis LEfSe reveló que el intestino delgado tenía las bacterias más características, con un total de 20 especies, mientras que el estómago y el intestino grueso tenían cada uno dos especies. Además, en el estudio actual, también nos centramos en el impacto de la estructura de la comunidad microbiana en las funciones a través de anotaciones funcionales en KEGG y CAZy. Hubo diferencias significativas en el nivel 2 de KEGG entre el estómago y el intestino delgado. El análisis LEfSe reveló las diferencias en el nivel 2 de CAZy entre el intestino grueso y el intestino delgado. En general, nuestro estudio proporcionó un análisis comparativo y contrastante de la microbiota intestinal en diferentes segmentos gastrointestinales de la serpiente de bambú de ojos grandes, ofreciendo valiosas perspectivas sobre el mecanismo de co-evolución del hospedador y la microbiota intestinal.