Se diseñaron tres estrategias de muestreo con un secuenciador de alto rendimiento de 16s rRNA y un ensayo de expresión génica (por RT-PCR) para comprender mejor el efecto del hospedador y los probióticos en la microbiota intestinal de las ovejas. Muestreo: (1) contenidos del colon y tejidos de grasa dorsal de ovejas de cola pequeña Han (SHS), ovejas de cola grande Hulun Buir (BHBS) y ovejas de cola corta de la estepa (SHBS) ( = 12, 14, 12); (2) contenido del yeyuno, ciego y colon, y heces de ovejas Tan (TS, = 6); (3) heces de TS en 4 puntos de tiempo (sin alimentación, 30 y 60 días de alimentación, y 30 días sin alimentación) con suplementación de probióticos ( = 7). Los resultados indicaron que SHS tenía la mayor abundancia, la grasa dorsal más delgada y la menor expresión de , , , , y . Algunos órdenes y familias de bacterias podrían ser biomarcadores potenciales para razas de ovejas con una distribución distinta de abundancia bacteriana, lo que implica que el genotipo del hospedador es predominante en la formación de una microbiota única en un entorno compartido. La diversidad y las poblaciones de la microbiota cambiaron significativamente después de 60 días de alimentación, pero se restauraron a su estado inicial, con mayormente colonias, después de 30 días de cese. La composición de la microbiota fue muy diferente entre el intestino delgado y el grueso, pero algo diferente entre el intestino grueso y las heces; las heces pueden ser confiables para estudiar la microbiota del intestino grueso en rumiantes.