La microbiota intestinal de los peces es conocida por desempeñar un papel esencial en diversos aspectos de la biología del hospedador. La microbiota intestinal de los peces se ve afectada por varios parámetros ambientales, incluidos los cambios de temperatura, la salinidad y la dieta. Los estudios sobre el efecto del ambiente en la microbiota intestinal permiten tener una mejor comprensión de lo que constituye una microbiota saludable bajo diferentes condiciones ambientales. Sin embargo, hay una comprensión insuficiente respecto a los efectos de la temporada de muestreo y el sitio de captura (silvestre y acuicultura) en la microbiota intestinal de la tilapia del Nilo. Este estudio caracterizó la composición y diversidad microbiana intestinal a partir de muestras recolectadas del Lago Tana y del centro de acuicultura de Bahir Dar utilizando la secuenciación de la plataforma 16S rDNA Illumina MiSeq. Firmicutes y Fusobacteria fueron los filos más dominantes en las muestras del Lago Tana, mientras que Proteobacteria fue el más dominante en las muestras de acuicultura. Los resultados de las pruebas de abundancia diferencial indicaron claramente diferencias significativas para Firmicutes, Fusobacteria, Bacteroidetes y Cyanobacteria a lo largo de los meses de muestreo. Sin embargo, Proteobacteria, Chloroflexi, Fusobacteria y Cyanobacteria se enriquecieron significativamente en la comparación de muestras del Lago Tana y del centro de acuicultura. Se observaron diferencias significativas en la diversidad microbiana a lo largo de los meses de muestreo y entre la tilapia del Nilo silvestre y la cautiva. La diversidad alfa mostró claramente que las muestras del centro de acuicultura (cautiva) tenían una mayor diversidad que las muestras de tilapia del Nilo silvestre del Lago Tana. La microbiota intestinal central de todas las muestras de tilapia del Nilo utilizadas en nuestro estudio comprendió Firmicutes, Proteobacteria y Fusobacteria. Este estudio mostró claramente el impacto de la temporada de muestreo y el sitio de captura (silvestre y acuicultura) en la diversidad y composición de las comunidades bacterianas asociadas con el intestino de la tilapia del Nilo. En general, este es el primer estudio sobre los efectos de la temporada de muestreo y el sitio de captura en la microbiota intestinal de la tilapia del Nilo en Etiopía. Se recomienda realizar trabajos futuros para explicar con precisión las causas de estos cambios utilizando muestras representativas grandes de tilapia del Nilo de diferentes lagos y granjas de acuicultura.