La ardilla terrestre salvaje dauriana es conocida por exhibir un comportamiento de reproducción estacional. Aunque la importancia de la microbiota intestinal en la digestión, el metabolismo y la inmunidad animal está bien establecida, la correlación entre la microbiota intestinal y la reproducción estacional en esta especie sigue siendo inadecuadamente explorada. En el presente estudio, utilizando tecnología de secuenciación metagenómica, se exploraron las composiciones y funciones de la microbiota intestinal de las ardillas terrestres daurianas salvajes en diferentes temporadas de reproducción. Los filos microbianos intestinales dominantes fueron Firmicutes y Bacteroidetes. Los Firmicutes fueron predominantes en la temporada de reproducción, mientras que los Bacteroidetes fueron predominantes en la temporada no reproductiva. A nivel de género, se acumularon durante la temporada de reproducción, mientras que aumentaron durante la temporada no reproductiva. Las anotaciones de GO (Ontología de Genes) y KEGG (Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto) indicaron que los genes en las muestras intestinales estaban altamente asociados con funciones metabólicas. El análisis de expresión diferencial de genes mostró que los genes relacionados con el sistema de fosfotransferasa, el metabolismo de cisteína y metionina estaban altamente expresados durante la temporada de reproducción, mientras que los genes regulados al alza en la temporada no reproductiva estaban enriquecidos en el metabolismo de almidón y sacarosa y en las vías de quimiotaxis bacteriana. En conclusión, este estudio podría proporcionar una referencia para investigar la microbiota intestinal en animales de reproducción estacional y ofrecer una nueva perspectiva sobre la función microbiana intestinal.