La enteropatía inflamatoria crónica canina implica una patogénesis multifactorial donde la disfunción inmunológica y los cambios en la microbiota intestinal juegan un papel central. La mayoría de los estudios taxonómicos basados en secuenciación se han centrado en la microbiota fecal. Sin embargo, el análisis de estas muestras no proporciona información completa sobre la composición del intestino delgado afectado por esta enfermedad canina. Por lo tanto, en este estudio, nuestro objetivo fue caracterizar la microbiota bacteriana intestinal en perros con enfermedad inflamatoria intestinal (EII) (n = 34) mediante biopsias duodenales y muestras fecales recolectadas en el momento del diagnóstico y compararlas con un grupo de perros sanos (n = 12) utilizando la secuenciación dirigida al gen del ARN ribosomal 16S (plataforma Illumina MiSeq). Nuestro estudio mostró que los perros con EII presentaron diferencias en las comunidades bacterianas fecales en comparación con los perros sanos, con una menor abundancia relativa de Prevotellaceae (p = 0.005), (p = 0.002), y (p = 0.006); Erysipelotrichales (p = 0.019), Stoquefichus (p < 0.001), Erysipelotrichaceae (p = 0.011), y (p = 0.003); (p = 0.015), (p = 0.042), Oscillospirales (p = 0.037), Oscillospiraceae (p < 0.001), (p = 0.028), y (p = 0.034); Acidaminococcales, Acidaminococcaceae, y (p = 0.001); Aeromonadales (p = 0.026), Succinivibrionaceae (p = 0.037), y (p = 0.031). Por otro lado, se detectó una mayor abundancia relativa de Enterococcaceae (p = 0.003), Streptococcaceae (p = 0.021), Enterobacterales (p = 0.027), Enterobacteriaceae (p = 0.008), y (p = 0.011). Además, al evaluar la alfa-diversidad, los perros con EII mostraron una menor diversidad en términos de riqueza y abundancia de especies (especies observadas [p = 0.031] e índice de Shannon [p = 0.039]). Además, la microbiota fecal en perros con EII fue significativamente diferente de la de los perros sanos (p = 0.006). Sin embargo, solo se observaron algunos cambios en la abundancia relativa de taxa (menor Rubrobacteria, Rubrobacterales, Rubrobacteriaceae, y [p = 0.002]; Cyanobacteria [p = 0.010], Vampirivibrionia, Obscuribacterales, y Obscuribacteraceae [p = 0.005]; Neisseriaceae [p = 0.004] y [p = 0.003]) al evaluar la microbiota asociada al duodeno de perros con EII. Así, aunque la inflamación intestinal afecta principalmente al intestino delgado en los perros afectados por EII del estudio, las muestras fecales pueden constituir una mejor muestra no solo por su fácil disponibilidad, sino también en términos de búsqueda de taxa bacterianos como biomarcadores para la EII canina. El uso de diferentes dietas en el estudio también puede tener una influencia parcial en la composición de la microbiota. Futuros estudios que abarquen enfoques multi-ómicos deberían evaluar la funcionalidad en ambos niveles para desentrañar la fisiopatología de la EII canina.