Los avances en la secuenciación de comunidades de amplicones del gen 16S rRNA han ampliado enormemente nuestra comprensión del microbioma reproductivo y su papel en la fertilidad. En los humanos, es la bacteria abrumadoramente dominante dentro de los tejidos reproductivos y se conoce como comensal y un indicador de fertilidad en mujeres y hombres. También se sabe que no es tan abundante en los tejidos reproductivos de las especies de ganado doméstico. Así, el objetivo de esta revisión es resumir la investigación hasta la fecha sobre los microbiomas reproductivos tanto femeninos como masculinos en especies de ganado doméstico (es decir, ganado lechero, ganado de carne, cerdos, rumiantes pequeños y caballos). Tener una comprensión integral de la microbiota reproductiva y su papel en la modulación de funciones fisiológicas ayudará en el desarrollo de estrategias de manejo y terapéuticas para mejorar la eficiencia reproductiva.