Antecedentes: El microbioma vaginal está estrechamente asociado con la aparición y recurrencia de la vaginosis bacteriana (VB). En el presente estudio, se comparó el estado de la microbiota vaginal durante las etapas de inicio y post-tratamiento asintomáticas de la VB con el de una población sana para evaluar los cambios en diferentes bacterias características durante el inicio, progresión y remisión de la VB. Métodos: Se realizó un estudio de casos y controles para explorar estos cambios. Las mujeres con síntomas clínicos de VB se dividieron en el grupo de enfermedad (M) y el grupo de casos y controles (C) según la puntuación de Nugent. Los sujetos en el grupo de enfermedad cuyos síntomas se resolvieron después del tratamiento fueron asignados al grupo tratado (T) y se reclutaron sujetos sanos en el grupo de control normal (N). Las regiones hipervariables V3-V4 de los genes de ARNr bacteriano 16S se secuenciaron en la plataforma Illumina MiSeq. Resultados: El grupo N albergó el mayor número de especies detectadas y una mayor abundancia de microbiota; tenían una abundancia significativamente mayor y una composición de comunidad bacteriana diferente en comparación con los otros tres grupos. En el grupo M, la especie dominante fue , mientras que fue predominante en los otros tres grupos. Mientras que fue más común en el grupo C en comparación con el grupo M. se incrementó significativamente en el grupo T. El análisis de diversidad alfa de las comunidades bacterianas reveló diferencias significativas en la riqueza y diversidad de la comunidad entre los cuatro grupos (< 0.05). También se observaron diferencias significativas en la distribución de varias comunidades bacterianas entre los diferentes grupos (< 0.05). Específicamente, la abundancia de ocho taxones bacterianos (, , , , , , , ) difirió significativamente entre los cuatro grupos (< 0.05). Conclusión: Se observaron diferencias significativas en la composición y diversidad alfa de la microbiota vaginal en diferentes etapas de la VB y la distribución de comunidades bacterianas entre los grupos investigados. Además de , y juegan un papel importante en la patogénesis de la VB. La aparición de síntomas clínicos similares a la VB estuvo estrechamente asociada con la disminución de las poblaciones de y .