La microbiota intestinal es vital para mantener la salud fisiológica y optimizar la producción de leche en las vacas lecheras, así como la rentabilidad de las granjas lecheras, especialmente bajo la influencia de entornos de gran altitud. Sin embargo, existe información limitada sobre cómo los entornos de gran altitud afectan la microbiota intestinal, particularmente en vacas lecheras, y esto solo ha ganado atención recientemente. Por lo tanto, este estudio tiene como objetivo identificar diferencias microbianas y vías relacionadas a través de datos de secuenciación de la microbiota intestinal de vacas lecheras de tierras altas y bajas. Nuestros hallazgos mejoran nuestra comprensión de cómo el entorno interactúa con la microbiota intestinal para influir en la salud fisiológica de las vacas lecheras. Esto podría ser crítico para desarrollar objetivos de cría de vacas lecheras sostenibles que enfatizan la adaptabilidad a gran altitud.