El ciervo almizclero de bosque (Flerov), un rumiante globalmente en peligro de extinción, enfrenta la extinción en la naturaleza, mientras que las poblaciones en cautiverio están amenazadas por trastornos digestivos e inmunológicos generalizados. Este estudio utilizó secuenciación metagenómica comparativa para analizar las estructuras microbianas intestinales en poblaciones silvestres (Chongqing y Hunan) e individuos en cautiverio. Las poblaciones silvestres mostraron una predominancia de Pseudomonadota, con un enriquecimiento de géneros degradadores de lignina. La población en cautiverio mostró una mayor abundancia relativa de los filos Bacillota y Bacteroidota, acompañada de un crecimiento potencialmente patógeno. A pesar de las diferencias significativas en riqueza en las poblaciones silvestres debido a la vegetación del hábitat, la diversidad microbiana central y las funciones metabólicas de carbohidratos mostraron convergencia. La microbiota en cautiverio mostró un enriquecimiento en rutas de traducción y metabolismo de azúcares, mientras que las poblaciones silvestres priorizaron la regulación inmunológica y la detección ambiental. Estos hallazgos proporcionan una base teórica para optimizar estrategias de conservación y para una gestión en cautiverio informada científicamente.