La microbiota intestinal y sus metabolitos, particularmente los ácidos grasos de cadena corta (AGCC), juegan roles cruciales en el metabolismo y la salud materna durante el embarazo. Sin embargo, los cambios dinámicos en la microbiota fecal y los AGCC a lo largo de todo el ciclo reproductivo, desde el embarazo hasta el destete, en las cerdas siguen siendo poco comprendidos. En este estudio, caracterizamos sistemáticamente la composición microbiana intestinal y los perfiles de AGCC de 25 cerdas en cuatro momentos clave: inicio del embarazo (T1), final del embarazo (T2), inicio de la lactancia (T3) y destete (T4). Encontramos que las dietas ricas en fibra durante la gestación pueden influir en la composición de la microbiota intestinal. Durante el embarazo, las especies son los microbios predominantes en el intestino de la cerda, mientras que se volvieron dominantes en la microbiota durante la lactancia. Notablemente, los niveles de propionato fecal se correlacionaron negativamente con el cambio de peso corporal, mientras que el acetato mostró una correlación positiva. Además, ciertas especies estaban vinculadas al metabolismo del ácido araquidónico y la producción de AGCC. Estos hallazgos destacan la importancia de la microbiota intestinal y los AGCC durante el período de gestación a destete en las cerdas, y proporcionan una base científica para futuras intervenciones dirigidas al microbioma con el objetivo de mejorar la salud materna.