La rizosfera y los microorganismos asociados a las plantas han sido intensamente estudiados por sus efectos beneficiosos en el crecimiento y la salud de las plantas. Estos incluyen principalmente bacterias fijadoras de nitrógeno (BFN) y rizobacterias promotoras del crecimiento de las plantas (PGPR). Esta fracción beneficiosa está involucrada en funciones importantes como la nutrición de las plantas y la resistencia de las plantas a las tensiones bióticas y abióticas, que incluyen la deficiencia de agua y la contaminación por metales pesados. En consecuencia, el rendimiento de los cultivos surge como el resultado neto de las interacciones entre el genoma de la planta y su microbioma asociado. Aquí, ofrecemos una revisión que abarca estudios recientes sobre las rizobias PGP como inoculantes efectivos para prácticas agrícolas en suelos difíciles, y proponemos modelos para combinaciones de inoculantes y estrategias de manipulación genómica para mejorar el rendimiento de los cultivos.