El caucho (Hevea brasiliensis (Willd. Ex Adr. de Juss) Muell. Arg, Euphorbiaceae) es una planta comercial importante que produce látex. Comercialmente, el caucho se reproduce a partir de un número limitado de genotipos injertados. Se han seleccionado nuevos genotipos prometedores para reemplazar a los genotipos tradicionales. Además, el caucho ha sido promovido para recuperar los suelos amazónicos degradados por la extensa ganadería. La simbiosis micorrízica arbuscular (AM) es una alternativa importante para mejorar la nutrición de las plantas en los árboles de caucho y recuperar los suelos degradados, pero las comunidades fúngicas AM en diferentes plantaciones y genotipos de caucho son desconocidas. Se evaluó la abundancia de esporas, la colonización de raíces y la composición de la comunidad fúngica AM en raíces de caucho de genotipos colombianos e introducidos cultivados en suelos degradados con diferentes tipos de plantaciones. Se utilizaron técnicas tradicionales (aislamiento y descripción de esporas; aclaramiento y tinción de raíces) y técnicas moleculares (secuenciación Illumina) para evaluar los hongos AM. Las raíces de caucho albergaron una diversa comunidad fúngica AM de 135 taxones virtuales (VT) en 13 géneros. El género Glomus representó el 66% de la comunidad fúngica AM total. El genotipo de caucho no afectó la micorrización arbuscular, albergando comunidades fúngicas AM similares. La composición de la comunidad fúngica AM en plantaciones de caucho viejas y jóvenes fue diferente. La diversidad de hongos AM en las raíces de caucho es una característica importante para restaurar suelos degradados.