Las investigaciones de vigilancia sobre hongos patógenos y toxigénicos son importantes para refinar nuestra comprensión de su epidemiología y ayudar a predecir sus brotes. Durante 2019, se recolectaron 198 muestras de granos de trigo de 25 gobernaciones productoras de trigo en Egipto para detectar e identificar la micoflora transmitida por semillas in vitro. Se identificaron cuarenta y cuatro especies de hongos pertenecientes a 20 géneros. Se analizaron datos moleculares de estos hongos para construir un árbol filogenético. Se calcularon indicadores de ocurrencia y biodiversidad. Dos patógenos prevalentes (incidencia promedio > 40%) estaban presentes en solo siete de las 25 gobernaciones, y eran menos abundantes que el agente causal de la pudrición hedionda. La gobernación de Sinaí registró la mayor diversidad de especies, mientras que la mayor riqueza de especies se encontró en las gobernaciones de Qena y Sohag. El análisis de correspondencia canónica de los datos de 20 géneros de hongos con la temperatura, la humedad relativa, la precipitación, la velocidad del viento o la radiación solar reveló que la humedad relativa era la variable climática más influyente. Mostró que la ocurrencia y distribución de los 20 géneros correspondían bien con tres de las cuatro regiones climáticas egipcias: mediterránea, semiárida y árida. Conocer la ocurrencia y distribución de patógenos en Egipto es el primer paso para desarrollar futuras estrategias de manejo de enfermedades para limitar las pérdidas de rendimiento y mejorar la seguridad alimentaria. A pesar de que este estudio se realizó en las áreas productoras de trigo en Egipto, nuestros hallazgos son útiles para otros países productores de trigo que comparten las mismas condiciones climáticas. La correlación entre un hongo dado y las variables climáticas puede ser útil en otros ecosistemas.