En el presente estudio, nuestro objetivo fue investigar los cambios relacionados con la edad, el criptorquidia y los tumores testiculares en los miARN en los testículos y el epidídimo de los perros. Doce perros machos sanos fueron divididos en dos grupos: jóvenes (3 años, n = 4). Cinco perros con criptorquidia unilateral, uno con un tumor de células de Sertoli y uno con seminoma fueron referidos a un hospital veterinario. Después de la cirugía, se recolectaron los testículos y las colas del epidídimo. Se realizó un análisis de microarreglos de miARN de alto rendimiento para identificar los miARN afectados por la edad, la criptorquidia y los tumores testiculares. La expresión de solo cfa-miR-503 se redujo en el epidídimo de los perros más jóvenes, mientras que la expresión de 64 miARN se incrementó. Entre ellos, los cinco principales miARN fueron cfa-miR-26a, cfa-miR-200c, cfa-let-7c, cfa-let-7b y cfa-let-7a. La expresión de cfa-miR-148a y cfa-miR-497 fue considerablemente más baja en el testículo criptórquido que en el testículo de perros sanos. En el epidídimo, el nivel de cfa-miR-1841 se redujo significativamente. Observamos una diferencia significativa en la expresión de 26 miARN cfa entre los tumores testiculares y los tejidos normales. Este estudio demostró que el envejecimiento y la criptorquidia tienen una relación causal con la expresión de miARN. Los miARN identificados pueden ser genes candidatos para rasgos reproductivos masculinos y podrían aplicarse en programas de cría molecular.