Se sabe que las microalgas tienen eficiencias fotosintéticas más altas en comparación con las plantas terrestres. El uso de biomasa de microalgas como fuente de proteínas está atrayendo atención debido a su interesante composición de proteínas y su carácter sostenible en comparación con las fuentes de proteínas animales y vegetales convencionales. No obstante, la existencia de una pared celular rígida es típica de la mayoría de las especies de microalgas, y esto presenta un serio obstáculo para una mayor bioaccesibilidad de sus valiosas fracciones proteicas. Dependiendo de la composición de la pared celular, el proceso de digestión gastrointestinal puede resultar en diferentes vías de absorción de proteínas. Por lo tanto, es importante entender cómo la estructura de la pared celular de las microalgas puede verse afectada durante la producción tradicional e industrial de su biomasa, ya que estas preguntas a menudo se pasan por alto. Esta revisión pretende llenar este vacío abordando los principales impactos del procesamiento sostenible e innovador de la biomasa de microalgas, prestando especial atención a las operaciones de secado y a los métodos de disrupción celular basados en la aplicación de campos eléctricos, como los campos eléctricos pulsados (PEF) y los campos eléctricos moderados (MEF). Utilizar la biomasa de microalgas como suplementos alimenticios en su máximo potencial depende de sus patrones de digestibilidad de proteínas y, posteriormente, de su bioaccesibilidad y biodisponibilidad. Se abordará la importancia de utilizar sistemas gastrointestinales in vitro para comprender el impacto del procesamiento innovador posterior de la biomasa de microalgas.