La microbiota intestinal y sus metabolitos son esenciales para la salud y el desarrollo del crecimiento de los animales. La investigación actual indica que el sexo tiene un cierto impacto en la estructura y función de la microbiota intestinal, pero hay pocos informes sobre las diferencias sexuales en los metabolitos de la microbiota intestinal, incluidos los de los animales machos castrados. Este estudio tuvo como objetivo explorar el impacto del sexo en los metabolitos microbianos intestinales de los jabalíes salvajes especiales de Hainan (10 cerdos machos enteros, 10 cerdas y 10 cerdos machos castrados, denotados como EM, FE y CM, respectivamente) mediante metabolómica no dirigida y cromatografía de gases. Se detectaron un total de 1086 metabolitos, siendo el mayor número de metabolitos diferenciales observado entre EM y FE (54 metabolitos diferenciales, incluidos 18 regulados al alza y 36 regulados a la baja), el menor entre CM y FE (7 metabolitos diferenciales, incluidos 1 regulado al alza y 6 regulados a la baja), y un número intermedio entre CM y EM (47 metabolitos diferenciales, incluidos 35 regulados al alza y 12 regulados a la baja). Los metabolitos diferenciales estaban involucrados en más vías entre EM y FE y entre CM y EM, incluidas las vías del metabolismo de aminoácidos y del sistema digestivo, mientras que los metabolitos diferenciales estaban involucrados en el menor número de vías entre CM y FE. El análisis de correlación mostró que contribuyeron a la producción de metabolitos como trehalosa, ácido docosatrienoico, D(-)-beta-hidroxibutirato y acetil-DL-leucina. Los niveles de ácido acético, ácido propiónico, ácido butírico, ácido isobutírico, ácido valérico y ácido isovalérico fueron significativamente más altos en EM que en FE, con CM en un punto intermedio entre los dos. Además, se mostró una correlación positiva significativa con la producción de ácidos grasos de cadena corta (AGCC), mientras que otros mostraron una correlación negativa significativa con la generación de AGCC. Este estudio proporciona datos fundamentales y perspectivas significativas sobre estrategias de alimentación de precisión para los jabalíes salvajes especiales de Hainan de diferentes sexos, así como sobre el estudio de las diferencias sexuales en los metabolitos microbianos intestinales en los animales.