El mercado de papas fritas es una industria de alto valor, que supera los 55 mil millones de dólares y sigue creciendo. Sin embargo, los mecanismos genéticos subyacentes a los rasgos clave de fritura siguen siendo poco comprendidos. En este estudio, realizamos un análisis del transcriptoma en dos tipos de papas con propósitos de uso final distintos para identificar los perfiles de expresión génica relacionados con las cualidades deseables de fritura, centrándonos en la textura y apariencia después de freír. Los genes clave que codifican la almidón sintasa 1 y 3, la sacarosa sintasa 4, las invertasas y los inhibidores de la metilesterasa de pectina se encontraron regulados de manera diferencial en las papas harinosas y farinosas basadas en sus características de fritura. Especialmente, las papas farinosas mostraron una mayor expresión de genes relacionados con la síntesis de almidón y una menor expresión de genes de invertasa. Estos patrones de expresión pueden mejorar la conversión de glucosa a almidón, reduciendo así los niveles de glucosa y minimizando el oscurecimiento inducido por el azúcar, lo que resulta en una apariencia frita más clara. Además, identificamos dos factores de transcripción, StbZIP2 y StbZIP35, que podrían estar co-expresados con dos almidón sintasas. Estos factores de transcripción responden al ácido abscísico, un regulador hormonal clave involucrado en el desarrollo del tubérculo. Este estudio proporciona información transcriptómica para la mejora de la calidad del procesamiento e identifica genes candidatos clave para la cría asistida por marcadores. Estudios adicionales en muestras más diversas con enfoques integradores de multi-ómicas fortalecerán la aplicación de estas ideas en los programas de cría.