Las poblaciones de malezas resistentes a herbicidas a nivel global continúan en aumento debido a las presiones de selección ejercidas por los herbicidas. A pesar de esto, los herbicidas siguen siendo el método preferido por los agricultores para el control de malezas debido a su costo y eficiencia en comparación con métodos físicos o biológicos. Sin embargo, el desarrollo de resistencia a los herbicidas en las malezas no solo desafía la producción de cultivos, sino que también amenaza los servicios ecosistémicos al interrumpir la biodiversidad, reducir la salud del suelo y afectar la calidad del agua. Nuestro objetivo fue desarrollar un modelo de simulación que capture la retroalimentación entre la dinámica de las poblaciones de malezas, la gestión agrícola, la rentabilidad y los procesos de toma de decisiones de los agricultores que interactúan de maneras únicas para reforzar la resistencia a los herbicidas en las malezas. Después de la calibración con datos observados y la evaluación por parte de expertos en la materia, probamos estrategias de manejo agronómico, mecánico o intensivo alternativas para evaluar su impacto en la dinámica de las poblaciones de malezas. Los resultados indicaron que las prácticas independientes mejoraron la rentabilidad de la granja a corto plazo, pero llevaron a resultados ecológicos adversos sustanciales a largo plazo, indicados por el aumento de la resistencia a los herbicidas (por ejemplo, daño a especies no objetivo, interrumpiendo las funciones naturales del ecosistema). La prueba de manejo más intensiva produjo el mayor control de malezas y beneficio para la granja, aunque con niveles elevados de banco de semillas resistentes residuales. Discutimos estos hallazgos tanto en contextos de países desarrollados como en desarrollo. El trabajo futuro requiere una mayor conectividad entre la gestión agrícola y los modelos de resistencia genética que actualmente permanecen desconectados mecánicamente.