La luz es vital para el crecimiento y desarrollo de las plantas, y la germinación de muchas semillas de plantas y el desarrollo de plántulas son muy sensibles al entorno lumínico. Bajo condiciones de luz nula o baja, las plántulas de pimiento acelerarán la elongación del hipocótilo para obtener luz. Para dilucidar el mecanismo molecular por el cual la luz regula la elongación del hipocótilo en pimiento, se realizó secuenciación de ARN para analizar los hipocótilos y cotiledones del mutante amarillento R24 bajo tres tratamientos de intensidad lumínica diferentes. Se identificaron un total de 35,341 genes; además, durante el tratamiento, se observaron 9695 genes nuevos y 13,123 genes diferencialmente expresados (DEGs), respectivamente. Algunos genes relacionados con la proteína quinasa del receptor de brassino-lide BRI1, las proteínas captadoras de luz LHCA y LHCB, y el factor de respuesta de auxina pueden regular la respuesta de los cotiledones e hipocótilos de pimiento picante a diferentes intensidades lumínicas. El análisis de enriquecimiento funcional de KEGG reveló que las vías más abundantes fueron la biosíntesis de fenilpropano, la transducción de señales de hormonas vegetales y el metabolismo del carbono. Este estudio proporciona una referencia valiosa para comprender el mecanismo molecular de la respuesta del pimiento a diferentes intensidades lumínicas en la etapa de plántula y para mejorar el entorno lumínico local para superar la elongación del hipocótilo del cultivo de pimiento en condiciones de luz baja.