En zonas áridas y semiáridas, las aguas subterráneas juegan un papel clave en la ecología y disponibilidad de agua dulce. Las lagunas costeras en zonas áridas tienen una gran importancia como refugio para especies de flora y fauna, como fuente de agua dulce y para fines recreativos para las comunidades locales y el turismo. Además, como ambientes bajo estrés natural, están sufriendo presión por actividades antropogénicas y el cambio climático, especialmente en zonas con un intenso desarrollo turístico como en el caso de la península de Baja California en el noroeste de México. En este documento, analizamos el futuro de una laguna costera impactada por el cambio climático y las presiones antropogénicas. Construimos un modelo de aguas subterráneas MODFLOW-SWI2 para predecir cambios en las entradas de agua dulce y salada y correlacionamos estos cambios con el análisis geoespacial de la distribución y evolución del cuerpo de agua y la vegetación circundante. La metodología se aplicó a la laguna San José, uno de los humedales más importantes de la península de Baja California, que había sido afectada por actividades antropogénicas y amenazada por el cambio climático. Según nuestro balance hídrico, el déficit del acuífero de San José aumentará para 2040 como resultado del cambio climático. El nivel freático al norte de la laguna descenderá, afectando la cantidad de entrada de agua dulce. Esta reducción, junto con un aumento de la evapotranspiración y el aumento del nivel del mar, favorecerá un incremento de la mineralización, reduciendo la calidad del agua superficial y subterránea y, en consecuencia, afectando la cobertura vegetal. Sin una gestión adecuada y medidas adecuadas para mitigar estos impactos, la laguna podría desaparecer como un ecosistema de agua dulce. Los resultados de esta investigación indican que el uso de un modelo de flujo de aguas subterráneas, junto con un análisis geoespacial, proporciona herramientas efectivas para predecir escenarios para el futuro de las lagunas costeras y sirve como base para la planificación del uso del suelo, la conservación de la naturaleza y la gestión sostenible de estos ecosistemas.