Los patógenos del suelo pueden reducir severamente la producción y calidad de los cultivos de hortalizas. Un complejo de enfermedades puede desarrollarse cuando muchos patógenos del suelo atacan un cultivo simultáneamente, lo que puede causar más daño. El hongo del suelo (Fo) y el nematodo (Mi) reducen significativamente los rendimientos globales de tomate ( L.). Después de una infección patógena del suelo, las plantas experimentan numerosos cambios. Por lo tanto, realizamos el presente estudio para examinar el impacto de los patógenos del suelo Fo y Mi en el crecimiento, fisiología, bioquímica y morfología de las raíces de los cultivares de tomate Zhongza 09 (ZZ09) y Gailiang Maofen 802 (GLMFA y GLMFB) a los 10, 20 y 30 días después de la inoculación (DAI). El presente estudio reveló que las infecciones combinadas dañaron adversamente el crecimiento de las plantas, la pigmentación fotosintética, el intercambio de gases, la bioquímica y la morfología de las raíces. La reducción del crecimiento de las plantas en GLMFA y GLMFB fue mayor que en ZZ09. El contenido de clorofila y los índices fotosintéticos disminuyeron drásticamente; sin embargo, ZZ09 disminuyó menos que las plantas GLMFA y GLMFB. En las plantas GLMFA y GLMFB, la infección combinada de Fo y Mi redujo la actividad antioxidante relacionada con la defensa de las plantas en comparación con su infección única o control. Los antioxidantes de ZZ09 se regulaban en gran medida hacia arriba, lo que indica tolerancia a los patógenos. ZZ09 tuvo índices de enfermedad de agallas y marchitez significativamente más bajos que GLMFA y GLMFB. Además, el examen microscópico de las raíces mostró que la infección de Fo y Mi dañó más a las plantas GLMFA y GLMFB que a las plantas ZZ09. Por lo tanto, la infección combinada indujo un daño severo en las raíces, redujo el crecimiento de las plantas, redujo los antioxidantes e incrementó la producción de especies reactivas de oxígeno (ROS) en comparación con la inoculación única. Sin embargo, el cultivar ZZ09 mostró una tolerancia significativamente más fuerte a la infección combinada.