Los cambios en la frecuencia cardíaca en reposo (FC) y la variabilidad de la frecuencia cardíaca (VFC) se utilizan comúnmente para evaluar las respuestas al estrés y los efectos del entrenamiento en los caballos. Sin embargo, estas medidas pueden no capturar completamente los resultados, especialmente en caballos de diferentes edades. Este estudio investigó cómo cambiaron la FC y la VFC durante sesiones de ejercicio de 54 minutos que comprendían tres sesiones de ejercicio y períodos de recuperación en caballos adultos no entrenados (CANs) y caballos geriátricos (CGs) a lo largo de un programa de ejercicio estructurado de 12 semanas. Sus hallazgos revelaron disminuciones en la duración de la FC elevada, la actividad del sistema nervioso simpático y los índices de estrés durante las sesiones de ejercicio. La FC también disminuyó de manera constante a lo largo de las 12 semanas, lo que indica una mejora en la condición física y una reducción del estrés tanto en los CANs como en los CGs después de completar el programa de ejercicio. Además, la VFC volvió a la línea base más rápido en los CANs que en los CGs, lo que sugiere una adaptación fisiológica más rápida. En conclusión, el programa de ejercicio estructurado de 12 semanas influyó positivamente en la adaptación de la FC y la VFC en ambos, CANs y CGs, con las adaptaciones diferenciándose entre ellos. Las mediciones realizadas durante las sesiones de ejercicio y los períodos de recuperación pueden servir como indicadores valiosos para evaluar y distinguir los efectos del entrenamiento en caballos que participan en programas de ejercicio similares.