El uso generalizado pero a menudo mal regulado de pesticidas ha desencadenado debates urgentes sobre sus efectos ocultos más allá de la resistencia en las plagas objetivo. Este estudio investiga los efectos morfológicos de la exposición a pesticidas, específicamente el organofosforado clorpirifos, utilizando morfometría geométrica para evaluar la asimetría fluctuante (FA) en las formas de las alas de las moscas domésticas. La estabilidad del desarrollo (DS), la capacidad de un organismo para mantener un fenotipo óptimo bajo estrés, sirve como un indicador clave del estrés ambiental y genético. Las moscas recolectadas de áreas expuestas a pesticidas en zonas rurales de Chile (Arbolillo) mostraron una asimetría alar significativamente mayor que las de zonas menos expuestas, reflejando perturbaciones en el desarrollo causadas por el clorpirifos. Estos hallazgos enfatizan el potencial de la FA como un biomarcador del estrés ambiental relacionado con pesticidas. Al vincular la exposición a pesticidas con la interrupción fenotípica medible, este estudio hace un llamado urgente a la integración de herramientas morfométricas y genómicas para comprender mejor los mecanismos de resistencia, al tiempo que promueve prácticas de manejo sostenible de plagas. Nuestros hallazgos demuestran que incluso un insecto común como la mosca doméstica puede servir como un centinela biológico, advirtiendo sobre riesgos ecológicos y de salud pública más amplios en paisajes dominados por pesticidas.