Las deficiencias de fósforo (P) o zinc (Zn) o de ambos son una de las principales limitaciones abióticas que influyen en la producción agrícola. La investigación sobre los efectos de la deficiencia individual o combinada de P y Zn es limitada en los cereales. Este estudio informa sobre los efectos de la deficiencia individual o combinada de fosfato inorgánico (Pi) y Zn en las respuestas fenotípicas, la modificación de pelos radiculares, la absorción de nutrientes y las respuestas moleculares del mijo perla, un cultivo cereal rico en nutrientes. Las plántulas de mijo perla se cultivaron hidropónicamente bajo condiciones de control (+Pi+Zn), deficiencia individual de Pi (-Pi), deficiencia individual de Zn (-Zn) y deficiencia combinada de Pi y Zn (-Pi-Zn) durante 30 días para encontrar las respuestas fenotípicas, la modificación de pelos radiculares, la absorción de nutrientes y las respuestas moleculares. En comparación con la condición individual -Zn, la condición individual -Pi tuvo más efecto en términos de reducción de biomasa. La condición combinada -Pi-Zn aumentó la longitud y densidad de los pelos radiculares en comparación con las otras tres condiciones. La condición individual -Zn aumentó la absorción de Pi, mientras que la condición individual -Pi favoreció la absorción de Zn. fue altamente regulada en los tejidos de los brotes bajo la condición individual -Zn, y ; fue altamente expresada en los tejidos radiculares bajo la condición individual -Pi. Este es el primer estudio que informa sobre los efectos de la deficiencia individual o combinada de Pi y Zn en el mijo perla y puede llevar a futuros estudios para gestionar mejor la deficiencia de P y Zn.