La soja se cultiva en todo el mundo debido a su proteína, aceite y compuestos bioactivos beneficiosos. Los factores genéticos y ambientales influyen en los isoflavones de las semillas de soja. En el presente estudio, perfilamos los isoflavones de las semillas en una diversa germoplasma de soja cultivada en dos localidades durante dos años en China. Se observaron diferencias significativas (< 0.001) entre los accesos, los orígenes de los accesos, los colores de las cubiertas de las semillas y los grupos de madurez para el contenido individual y total de isoflavonas (TIF). El contenido de TIF de los accesos de soja varió de 677.25 g g a 5823.29 g g, representando una diferencia de 8 veces. Los accesos de soja de EE. UU. mostraron el mayor contenido medio de TIF (3263.07 g g), seguidos por Japón (2521.26 g g). La soja con cubierta de semilla negra mostró la mayor concentración de TIF (3236.08 g g). Además, los niveles de isoflavonas fueron significativamente más altos en los grupos de madurez tardía. El análisis de correlación reveló asociaciones positivas significativas entre el contenido individual y el contenido de TIF. El malonildaidzina y el malonilgenistina mostraron correlaciones más altas con el contenido de TIF (= 0.92 y = 0.94, respectivamente). Los accesos de soja identificados como poseedores de un contenido de TIF alto y estable pueden ser utilizados en las industrias alimentaria y farmacéutica, así como en programas de mejoramiento para desarrollar variedades de soja con un contenido de isoflavonas mejorado.