La producción de razas autóctonas de pequeños rumiantes en la región Centro de Portugal se practica en un sistema de cría semi-extensivo, exponiendo a los animales a infecciones parasitarias. El objetivo principal de este estudio fue estimar la prevalencia de la infección por gusanos pulmonares e identificar factores de riesgo. Se recolectaron muestras fecales de 203 cabras y 208 ovejas de 30 rebaños y se sometieron a la prueba de Baermann modificada. La prevalencia general de infección fue del 57.7%, significativamente más alta en cabras (95.6%) que en ovejas (20.7%) (< 0.001). Según el modelo de regresión logística binaria, las ovejas desparasitadas con albendazol, mebendazol más closantel, o ivermectina más clorsulón presentaron un riesgo de infección por Protostrongylidae 29.702, 7.426, o 8.720 veces mayor, respectivamente, que aquellas desparasitadas con eprinomectina. Además, se investigó la presencia de parásitos gastrointestinales en 307 muestras fecales utilizando Mini-FLOTAC. La prevalencia general de infección fue del 86.3%, también significativamente más alta en cabras (93.2%) que en ovejas (79.9%) (< 0.001). Los huevos de tipo estrongilo fueron los más frecuentemente identificados, tanto en ovejas (69.8%) como en cabras (87.8%), seguidos de ooquistes (40.3% en ovejas y 68.9% en cabras). Considerando la alta prevalencia y la carga de la infección parasitaria por gusanos pulmonares, es urgente determinar su impacto económico y las repercusiones en la salud animal en la región Centro de Portugal para establecer pautas terapéuticas adecuadas.