En el contexto del desarrollo y transformación rural, es crucial identificar el impacto de la multifuncionalidad rural en la contaminación por fuentes no puntuales (NPS). Este estudio aplica la Herramienta de Evaluación de Suelos y Agua (SWAT), un detector geográfico y un análisis de componentes principales en Liyang, una subcuenca montañosa típica en China, con el fin de evaluar el desarrollo multifuncional rural que influye en la diferenciación espacial de la contaminación NPS y detectar los efectos interactivos de la multifuncionalidad rural. El R2 y el NSE demostraron que el modelo SWAT calibrado simuló con éxito la contaminación NPS en Liyang. La escala de la aldea se identificó como la escala de investigación óptima para examinar el desarrollo multifuncional rural en la distribución de la contaminación NPS. Los indicadores de multifuncionalidad rural, como la proporción de cultivo de hortalizas, el área de siembra y la agricultura de granos, influirían en la distribución de NPS. El número de cooperativas de agricultura familiar, el área de la acuicultura y el área de reservas naturales también fueron significativos. La multifuncionalidad rural en Liyang podría clasificarse en cinco categorías: producción de granos, agricultura mixta, conservación ecológica, turismo de ocio y función industrial y comercial. La superposición de la multifuncionalidad rural tiene un efecto de fortalecimiento sobre la contaminación NPS, especialmente cuando la función de conservación ecológica se combina con la producción de granos o la función de agricultura moderna. El estudio podría proporcionar estrategias de control de contaminación NPS para la formulación de políticas en el desarrollo multifuncional rural.