El desequilibrio de las relaciones humanas-territorio en las zonas rurales se ha convertido en un problema notable en el proceso de urbanización de China. El sistema dual urbano-rural es ampliamente considerado como el factor crucial que contribuye a este problema en China. Aunque la importancia de las fuerzas institucionales ha sido reconocida sustancialmente, el sistema de viviendas rurales parece ser generalmente subestimado en este tema. La mayor parte de la literatura previa se centra en el sistema dual de registro de hogares, mientras que los efectos y los mecanismos detallados del sistema de viviendas rurales sobre las relaciones humanas-territorio carecen de profundidad en la investigación. El objetivo de esta investigación es ayudar a llenar este vacío en la literatura sobre los efectos complejos y los mecanismos detallados del sistema de viviendas rurales en las relaciones humanas-territorio rurales. En vista de esto, este artículo establece un marco conceptual sobre la base de la teoría de la función del suelo y la teoría del dominio público de los derechos de propiedad y propone dos hipótesis de mecanismo: una es el mecanismo de apego a la tierra de los derechos e intereses de los agricultores (LAM), y la otra es el mecanismo de preferencia de financiamiento de la tierra de los gobiernos locales (LFPM). Luego, este artículo los examina empíricamente utilizando el modelo de panel con los datos de 41 ciudades desde 2010 hasta 2021 en el Delta del Río Yangtsé de China. Las principales conclusiones son las siguientes: (1) LAM promueve el desequilibrio de las relaciones humanas-territorio rurales debido al apego de los derechos de seguridad social de los agricultores y los intereses patrimoniales esperados a las viviendas rurales; (2) LFPM impulsa el desequilibrio de las relaciones humanas-territorio rurales, debido tanto a la preferencia por los ingresos por transferencia de tierras como a la exclusión del costo financiero de la ciudadanía de los migrantes rurales para los gobiernos locales; (3) los efectos moderadores sugieren que LFPM puede fortalecer el efecto de LAM, y los resultados del modelo Durbin espacial muestran que tanto LAM como LFPM tienen efectos de derrame espacial. Se espera que los hallazgos proporcionen una referencia para profundizar en la reforma del sistema de viviendas rurales.